第四章:做我女人吧！

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    从桧扇市出发旅行的少女，如果被选为主人公，她会从被红豆杉博士拜托的贝尔处得到初学者神奇宝贝和神奇宝贝图鉴，展开属于自己的旅程。旅程开始。芽衣会被同修在算木牧场内遭遇两年后的等离子团，会在算木镇被前任冠军阿迪克叫去特训，从而拥有了打败桧扇市新上任道馆首领切连的能力，得到首枚徽章后，会在桧扇市道馆前得到贝尔与切连的联络方式与c连接装置。
    芽衣
    在旅程中，芽衣会经历很多bw1没有的设施，如在立涌影城的口袋坞与前任冰系道馆首领哈奇克以及关东超能力系道馆首领娜姿一同拍电影，在如今高楼林立的4号道路徜徉徘徊，在雷文市前的加盟大道尝试着和各种人交流并在商业领域成名、在帆巴市新建的战斗大赛中与众多选手互相切磋等等。
    芽衣会在雷文市的战斗地铁前与本作男主角恭平（友情提示：如果一开始选的是男主角，那么此时出现的则是女主角形象的角色芽衣），在雷文市的游乐园接触云霄飞车以及摩天轮，还有新建的t台一般的电系道馆。在雷文市上方与等离子团战斗并了解到青梅竹马修的内心。挑战两年后新出现的道馆。与两年后的等离子团战斗，接触等离子团的博士，面临整个伊宿地区被等离子团冰封的局面。在敌人的帆船上进行决斗，在巨大洞穴与修/切连（依版本而定）合作瓦解等离子团的野心，进入巨大洞部接触盖奇斯，与吸收了n带来的捷克罗姆/雷希拉姆（依版本而定）的酋雷姆战斗（不能收服），胜利后，依旧是挑战四大天王以及新的冠军艾尔丽丝！最终进入冠军殿堂，然后结尾在众人的注目下回到桧扇市。
    最后透露一下透子和芽衣是一起逃婚出来的。